Con el fin de determinar los procesos de bioacumulación y biomagnificación de mercurio en la Bahía de Cartagena y la Ciénaga Grande de Santa Marta (CGSM) se analizó el contenido total de este metal en tejido muscular de lisa (Mugil incilis) y mojarra (Eugerres plumieri), especies de diferente nivel trófico (detritívoro y omnívoro, respectivamente), así como en sedimentos superficiales (<63µm). Los muestreos se llevaron a cabo entre los meses de marzo y noviembre de 1996, abarcando de esta forma las dos épocas climáticas predominantes (seca y lluviosa). Las determinaciones, se realizaron en un analizador de mercurio, por la técnica de vapor frío. El análisis de varianza mostró que existen diferencias muy significativas (P<0.01) entre los contenidos de mercurio en sedimentos de la Bahía de Cartagena y la CGSM, sin embargo para cada área no se encontraron diferencias entre los períodos de muestreo. Las mayores concentraciones se presentaron en la época seca (marzo), cuando la variable salinidad alcanzó también sus valores más altos. En la CGSM la relación entre la concentración mercurio y la materia orgánica (MO) fue significativa, en esta área las concentraciones en sedimentos estuvieron dentro de los rangos naturales. Las concentraciones de mercurio halladas para el tejido muscular de lisa y mojarra en la Bahía de Cartagena, fueron respectivamente en el orden de 3 y 9.7 veces más, que las encontradas en la CGSM. Para la Bahía de Cartagena se presentaron diferencias significativas más importantes (p<0.01) entre especies y épocas que en la CGSM (p<0.05), donde las concentraciones se consideran dentro de niveles naturales. Las mayores concentraciones en ambas especies se presentaron en el mes de marzo. La relación entre la concentración en músculo de mojarra con la talla y el peso para la Bahía de Cartagena, estuvieron afectadas por las variaciones estacionales. Los procesos de bioacumulación y biomagnificación se observaron en ambas áreas de estudio, siendo el último mas importante (4.1 veces superior) en la Bahía de Cartagena. El factor de bioacumulación en la CGSM fue mayor que en la bahía, debido probablemente a que la biodisponibilidad del mercurio es mayor en esta área, y que al parecer los peces aun no han alcanzado un equilibrio con el medio externo.