En los últimos 30 años los manglares de la Ciénaga Grande de Santa Marta han venido sufriendo un deterioro progresivo; se han planteado como causas importantes la construcción de la carretera Ciénaga – Barranquilla, el cierre de caños provenientes del río Magdalena, en la zona sur-occidental del sistema lagunar, dedicada a ganadería extensiva; el aporte de residuos de insumos agrícolas, cierre de los caños y desvío de aguas de los ríos de las zonas de agricultura intensiva, del piedemonte de la Sierra Nevada de Santa Marta, al costado oriental.
