El estado colombiano, ha iniciado en los últimos años una serie de procesos para estudiar, regular, zonificar y administrar adecuadamente la cuenca del río Magdalena, organizando los usos humanos de este territorio con miras al beneficio del conjunto de la sociedad. El presente trabajo es un aporte en este sentido, a través del proyecto de Ecodesarrollo, específicamente para el Complejo Estuárico al cual está vinculado el brazo principal del río Magdalena. Consta esencialmente de tres partes: 1) Se presentan los rasgos más sobresalientes para comprender el funcionamiento histórico actual del Sistema Ecológico Regional (SER). 2) Se formula una serie de recomendaciones para el desarrollo armónico de la región bajo la concepción del Ecodesarrollo. 3) Como una tercera parte, contiene un desarrollo relativamente amplio de la estructura conceptual-metodológica que permitió a los participantes en el proyecto de Ecodesarrollo llegar a formular el diagnóstico del Sistema de Ecología Regional.