La estructura del fitoplancton del sistema se mueve principalmente en base a muy pocas especies, pertenecientes al microplancton, a saber Actinocyclus normanii variedad subsalsa, Nitzschia closterium, Neodelphineis pelagica, Scrippsiella trochoidea y Chroococcus turgidos. Los diferentes grupos del fitoplancton se reemplazan en el tiempo de una manera ordenada, presentándose primero las DC y las DP, luego las DI y finalmente las CI. Las DC presentan , además, varios picos de abundancia importante a lo largo del ciclo anual.
