Se analizaron datos fisicoquímicos y biológicos del cuerpo de agua de la Ciénaga Grande de Santa Marta (Mar Caribe, Colombia), obtenidos en diferentes investigaciones y monitoreos por INVEMAR. Se exploraron las relaciones entre series quincenales de variables “biológicas” (clorofila a, producción primaria) y “fisicoquímicas” (salinidad, transparencia, nutrientes inorgánicos, nitrógeno y fósforo totales, feopigmentos, proteínas del seston, de cinco estaciones del cuerpo de agua del estuario. Por análisis de componentes principales se obtuvo un resumen de la trayectoria multivariada a lo largo de 1 año de las estaciones de muestreo. Por análisis de correlación cruzada de series estacionarias cortas (1 año) y largas (algo más de 4 años), obtenidas promediando estaciones, se determinaron las correlaciones contemporáneas y rezagadas en el tiempo entre las variables “biológicas”, y las variables “fisicoquímicas” o combinaciones lineales de grupos de ellas, evaluando su significancia teniendo en cuenta la estructura de autocorrelación de cada serie. La mayor variación en los datos en un año ocurrió en la producción primaria y en la biomasa fitoplanctónica (medida como clorofila a), a dos escalas, una en relación con cambio climático estacional entre la época de sequía y la de lluvias, en estrecha asociación con la salinidad, y otra con un período de unas pocas semanas, sin relación contemporánea con ninguna de las variables “fisicoquímicas”. Sólo la biomasa de fitoplancton se asoció significativamente con aumentos en la concentración contemporánea de ortofosfatos disueltos; además, los niveles de nitrógeno total se asociaron con aumentos en la producción dos quincenas después, posiblemente como una respuesta rezagada del fitoplancton cuando acumula reservas nitrogenadas. La falta de control global del régimen biológico por parte del régimen químico inorgánico se debió probablemente a que la disponibilidad de nutrientes es el efecto dinámico de su asimilación y reciclaje, mientras que la concentración refleja apenas el estado neto; también puede deberse a la interacción de la producción con otras variables biológicas como la herbivoría, de magnitud desconocida. En contraste, se encontró que el régimen biológico parece condicionar las concentraciones de nitrógeno y fósforo disueltos entre una y dos quincenas después, posiblemente como consecuencia de la asimilación , y en relación con los tiempos de respuesta del fitoplancton. Finalmente, se encontraron efectos rezagados de variables asociadas con la cantidad de material suspendido sobre la producción primaria y el fitoplancton varios meses después, que podrían estar asociados con patrones de circulación de los que muy poco se conoce.