Para realizar este estudio se tomaron como base las tres entradas principales que tiene el sistema lagunar: Ciénaga de Pajaral, el Río Fundación y la Boca de la Barra. Funcionalmente se encontró que el componente bacterial es el principal responsable del metabolismo bentónico; la demanda química de oxígeno alcanza valores muy similares a la fracción bacterial indicando que el metabolismo energético en dichos fondos es también intenso.
Se recomienda usar el presente trabajo y considerar obsoleto a Moreno Osorio (1989).