A comienzos de los años 90, la muerte de los manglares de la Ciénaga Grande de Santa Marta (CGSM) debido a los altos niveles de salinidad en suelo, incentivó la re apertura de cinco canales naturales, para reducir la salinidad y mejorar la condición de los bosques (Proyecto PROCIENAGA). Con el objetivo de hacer una evaluación histórica de las trayectorias de rehabilitación del manglar, recapitular las lecciones aprendidas con el proyecto de rehabilitación y simular escenarios futuros; en el presente estudio se utilizó un análisis de componentes principales con clasificación jerárquica para describir los cambios a través del tiempo de variables relacionadas con el ambiente abiótico (salinidad y temperatura intersticial-0.5m y nivel de inundación); la composición de especies, la estructura del ensamblaje (Composición de edades, Área Basal-AB e Índice de Valor del Importancia-IVI) y la funcionalidad ecológica (Disponibilidad de propágulos-DP y Tasa de Crecimiento-TC), en cinco estaciones (Rinconada-RIN, Caño Grande-CGE, Aguas Negras-ANE, Kilometro 22-KM22 y Luna-LUN). Adicionalmente, para simular tendencias futuras de AB, se validó, calibró y ajustó un modelo basado en individuos (FORMAN), utilizando datos del monitoreo llevado a cabo por INVEMAR. Los resultados sugieren una metodología de análisis robusta; tendencia a la recuperación de las condiciones abióticas en CGE, ANE, KM22 y LUN, así como convergencia de los atributos estructurales de ANE y KM22, al ser comparadas con la estación referencia (RIN). LUN y CGD mostraron diferentes patrones en estructura, sugiriendo que un sitio restaurado puede tardar en recuperar las condiciones deseadas, quizás nunca lo haga o que las medidas de restauración activas pueden alterar su trayectoria. Aunque con limitaciones por la variabilidad de los datos, el análisis de la DP y la TC, mostró mantenimiento de la funcionalidad ecosistémica en todas las estaciones. El ajuste en las variables de salinidad y reclutamiento, permitió calibrar el modelo FORMAN para el caso de la CGSM. Bajo un escenario optimista el sistema alcanza la estabilidad en el largo plazo (>100 años) y la coexistencia de tres especies, con dominancia de A. germinans. Al proyectar un aumento en la salinidad intersticial, con base en los registros de los últimos 3 años, el sistema colapsa en el corto plazo (10 años), demostrando la vulnerabilidad de la CGSM a los aumentos salinos y la necesidad de implementar acciones efectivas de manejo. El estudio abre las puertas para entender patrones de restauración y dinámica de ecosistemas a largo plazo y provee insumos y bases técnicas para la planeación de nuevas estrategias de restauración, manejo y modelación en el complejo estuarino, que podrían aplicarse a otros ecosistemas de manglar.