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Mientras predominan las aguas salobres en la Ciénaga Grande se destacan las formas bacterianas halófilas. Durante la época de lluvias (invierno), disminuye la salinidad, sin embargo las formas halófilas aumentan en número. La reproducción de bacterias de agua dulce se inicia sólo cuando la salinidad llega bajo un valor de un 10°/oo Estas alcanzan su valor máximo temporáneo en salinidades de un 3°/oo. Al mismo tiempo disminuyen las formas halófilas. Observaciones sobre contaminación fecal se realizaron en las aguas de la Ciénaga. Como indicador se utilizó Escherichia coli. En las inmediaciones de los pueblos de pescadores es posible detectar cierta contaminación. En cambio, en el resto de la Ciénaga, en contados casos se observa E. coli. La presencia de Salmonella se investigó, ya en muestras de agua tomadas en el pueblo Bocas de Aracataca, así como también en 100 ostras (Crassostrea rhizophiorae). 4 de 6 muestras de agua dieron resultados positivos, no así las ostras examinadas. El presente grado de contaminación de la Ciénaga Grande no es alarmante con respecto a la pesca de ostras.