Se describe detalladamente la estructura y calibración del bloque químico-biológico de un modelo matemático bidimensional, de un ecosistema de aguas someras. Este modelo incluye las ecuaciones de equilibrio para los componentes del ecosistema tales como: fitoplancton, bacterioplancton, zooplancton, materia orgánica muerta, fosfatos, amonio, nitritos, nitratos y oxígeno disuelto. Se presentan los resultados de los cálculos de distribución espacial de los componentes de un ecosistema en la Ciénaga Grande de Santa Marta, para cada época de año.