Con miras a evaluar posibles efectos de la recomunicación del río Magdalena con su antiguo delta, se determinó la abundancia y composición de la rotiferofauna del Complejo de Pajarales (CP), durante el período de mayor abundancia anual de zooplancton. El phylum Rotifera fue seleccionado por sus altas tasas reproductivas y eficiencia en procesos de transformación energética. Las muestras se colectaron con botella van Dorn durante la segunda temporada lluviosa de 2006. En cada una de las cuatro estaciones analizadas se registraron la salinidad, temperatura, pH y oxígeno disuelto. La diversidad se calculó empleando el índice de Shannon-Wiener H’ (log10) comparando estaciones y fechas de muestreo para establecer variaciones en el período de estudio. Gráficamente se relacionaron variables fisicoquímicas con valores de diversidad que emplearon un α de 0.05 y 95% de intervalo de confianza. En total, fueron encontrados 20 morfotipos pertenecientes a las familias Brachionidae, Lecanidae, Filiniidae, Synchaetidae, Hexarthriidae y Testudinellidae, siendo Brachionidae y Lecanidae las más abundantes. La relación entre diversidad y variables fisicoquímicas, indica que la salinidad es la principal responsable de la diversidad de rotíferos. En conclusión, la rotiferofauna actual en el CP es más abundante y diversa que hace 16 años, antes de la recomunicación con el río Magdalena. Así mismo, la concentración de oxigeno disuelto, pH y salinidad son diferentes. Teniendo en cuenta que la salinidad es el factor que más influyó en la diversidad de rotíferos, la reapertura de canales probablemente favoreció el incremento en la diversidad de rotíferos en el CP.
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